Храм в честь святителя Варсонофия Казанского чудотворца построен в 1901 г. при больнице для слепых на средства казанского мецената И.И. Алафузова. В 1918 г. храм был закрыт. В марте 2010 г. Варсонофьевская церковь была передана Казанской епархии. 25 сентября того же года после 109-летнего перерыва в храме было совершено первое богослужение.
Церковь была построена на средства крупного казанского фабриканта и заводчика, мануфактур-советника, потомственного почётного гражданина Ивана Ивановича Алафузова. Остался в памяти как крупный благотворитель. Так, он пожертвовал средства на строительство зданий женской рукодельной школы, больницы для рабочих в Адмиралтейской слободе, театра. Умер в возрасте 54-х лет 26 августа 1891 г. Похоронен в фамильном склепе Свято-Успенского Зилантова мужского монастыря, где покоился прах его первой жены Людмилы Сергеевны Александровой († 1868), дочери его компаньона С.Е. Александрова.
Его вторая жена, Лидия Андреевна Кауль, одна из наследниц многомиллионного состояния, в память о своем муже вкладывает средства в строительство храма во имя святителя Варсонофия, а также возводит одно из зданий университетской больницы.
Комплекс зданий при новых университетских клиниках был построен в 1896–1901 гг. по проекту известного московского архитектора Константина Михайловича Быховского. Храм составлял часть этого проекта. За постройкой наблюдал казанский городской архитектор (1899–1906) и одновременно архитектор Казанского университета (1899–1903) Иван Никитич Колмаков. Первоначальный проект и смета, утверждённая министром народного просвещения, предполагали строительство небольшого храма без причта. Однако Лидия Андреевна Алафузова пожертвовала сумму, необходимую для постройки и оборудования солидного каменного храма, правда, без колокольни. Строил храм подрядчик всего комплекса зданий клиник Пётр Митрофанович Сушенцов, пожертвовавший в церковь несколько икон. Основную часть икон написал один из основателей и преподаватель Казанской художественной школы Григорий Антонович Медведев (1868 – 1944), иконостас изготовил и установил М.Л. Сухов.
Небольшая одноглавая церковь органично вошла в ансамбль больничных зданий и явилась его своеобразным архитектурным акцентом. Она хорошо просматривается через ограду с улицы Бутлерова. С главным зданием она соединена переходной галереей. Построена в стилизованных формах древнерусской церковной архитектуры, из которой заимствованы килевидные окна, многослойные карнизы, закомары в виде трёхлопастных завершений фасадов четверика храма. Сочетание серой штукатурки и красного кирпича - результат привлечения столичного архитектора Быховского, данная черта не характерна для архитектуры провинциального города.
Лидия Андреевна обеспечила процентами с ценных бумаг высокое жалованье причта (1000 руб. — священнику и 500 руб. — псаломщику), более чем вдвое превышающую обычную зарплату священнослужителей. Это объяснялось тем, что никаких иных доходов не предполагалось, ибо в клиниках лечились в основном бедняки, и требы совершались бесплатно. Изначально церковь предусматривалась как домовая для окормления больных и сотрудников клиники. Кроме этих затрат вдова Алафузова содержала 25 дополнительных коек, оплачивала труд нескольких врачей и фельдшеров.
Освящение храма. Этот храм при новых клиниках Казанского Императорского университета был освящен Арсением, архиепископом Казанским и Свияжским, 21 января 1901 года.
С благословения Его Высокопреосвященства накануне дня освящения 20 января было совершено в новом храме всенощное бдение с акафистом святителю Варсонофию, а 21-го в 8 часов утра освящение воды.
21-го января в 9 часов утра в клинику прибыл Высокопреосвященнейший Арсений и при входе в неё был встречен корпорацией клиники во главе с ректором университета; в церкви же встретили его со св. крестом сослужащие Владыке при освящении храма священнослужители. Освящение храма и Литургия были совершены Его Высокопреосвященством торжественно. За литургией перед Причастием одним из священнослужителей, участвовавших при совершении Богослужения, произнесена была проповедь, а в конце литургии провозглашено было многолетие Государю Императору, всему Царствующему Дому, Св. Синоду, Высокопреосвященнейшему Арсению с богохранимою паствою; вечная память Иоанну (Ивану Ивановичу Алафузову), на пожертвованную сумму которого и был выстроен храм и одна из клиник, и многолетие жертвователям, строителям, учащимся и всем православным христианам.
Церковь была закрыта одной из первых в городе — осенью 1918 года. Иконы, роспись и утварь были утрачены. До 2010 г. в помещении церкви располагался склад, архив, кабинет УЗИ и туалет.
Ныне храм обретает вторую жизнь, второе дыхание. Он был открыт 25 сентября 2010 года — спустя 110 лет со дня своего основания и 92 года — со дня закрытия. Его настоятелем является иеромонах отец Вячеслав (Шапоров).
Тихий храм, ничто не нарушает молитвы