Келья в Чудовом монастыре. Монах Пимен заканчивает свою летопись Руси. В келье спит молодой чернец Григорий Отрепьев. Он просыпается от тревожного сна: уже в третий раз видит чернец, как поднимается он по крутой лестнице, смотрит с высоты на Москву и падает вниз. Григорий слушает рассказ Пимена о прежней жизни и расспрашивает о смерти царевича Димитрия в Угличе. "Он был бы твой ровесник и царствовал", - говорит Пимен. Эти слова глубоко западают в душу Григория, рождая в нем смелый и дерзкий замысел.
Корчма на литовской границе. Сбежавший из монастыря Григорий собирается перейти границу, вместе с ним беглые монахи Мисаил и Варлаам. От хозяйки корчмы Григорий узнает, каким путем можно пройти в Литву, минуя заставы. В корчму приходят приставы. Они ищут беглеца, опасного для Московского государства. Прочесть приказ может только Григорий. Он читает, что из Чудова монастыря бежал чернец Григорий Отрепьев и царь приказал его изловить. В приказе перечисляются приметы Отрепьева. Чтобы не выдать себя, поглядывая на Варлаама, Григорий называет его приметы вместо своих. Приставы набрасываются на Варлаама. Мигом слетает с него хмель. Медленно, по буквам, читает Варлаам царский указ. Григорий опознан. Он убегает.
Царский терем в Московском Кремле. Дочь Годунова Ксения оплакивает своего умершего жениха. Здесь же, в тереме, Федор, сын Бориса. Входит царь. Он старается утешить дочь, интересуется занятиями сына. На душе у него тяжело. Борис знает, что народ ненавидит его, и никакими щедротами он не может снискать народной любви.
Размышления Бориса прерваны приходом Шуйского, его давнего врага. С затаенным злорадством князь сообщает Борису о появлении в Литве Самозванца. Имя царевича Димитрия приводит Бориса в волнение. Борис приказывает Шуйскому укрепить литовскую границу. Он просит князя подтвердить смерть царевича. Шуйский рассказывает подробности убийства. Потрясенный, охваченный ужасом, Борис гонит Шуйского прочь, ему чудится призрак убитого ребенка.
Сандомирский замок. Марина Мнишек, прекрасная и властная польская аристократка, встречается в саду с Самозванцем. Хитростью, надменностью, лаской она разжигает его любовь и честолюбие. Марина будет принадлежать ему, когда он во главе польского войска овладеет Москвой и станет властелином Руси.
Площадь перед собором Василия Блаженного. Толпа обнищавшего, голодного народа ждет окончания службы. В соборе предают анафеме Гришку Отрепьева. Из уст в уста передается слух о приближении войск Самозванца к Москве. Мальчишки у собора отнимают у Юродивого копеечку. Он плачет. Из собора в окружении бояр выходит царь. Народ просит у него хлеба. Царь спрашивает Юродивого, отчего он плачет. "Мальчишки отняли у меня копеечку, вели-ка их зарезать, как ты зарезал маленького царевича", - отвечает Юродивый. Борис останавливает приближенных, готовых схватить несчастного, и просит Юродивого помолиться за него. "Нельзя молиться за царя Ирода", - слышит он в ответ.
Грановитая палата в московском Кремле. На заседании боярской думы решается участь Самозванца. Запоздавший Шуйский рассказывает о тайных страданиях Бориса. Но в это время перед боярами предстает и сам царь, в страхе отгоняющий от себя призрак убитого ребенка. Он обращается к боярам. Его прерывает Шуйский, предлагая выслушать старца, который желает поведать тайну. Входит Пимен. Он рассказывает царю, что в Угличе произошло чудо: слепой исцелился, помолившись на могиле царевиче Димитрия. Этого удара Борис не может выдержать; он падает без чувств. Очнувшись, царь зовет сына Феодора, чувствуя близкую кончину. Под погребальный звон, указывая на Феодора, он говорит: "Вот царь ваш". Борис умирает, не зная о том, что оставляет Россию на пути безвластия...
